Ny metod för att hitta C difficile-utbrott

Autoreferat. Clostridium difficile är en sporbildande bakterie som finns i tarmen hos 2–5 procent av den friska befolkningen. Hos personer som behandlas med antibiotika kan bakterien under vissa omständigheter ge upphov till diarré av olika allvarlighetsgrad. Orsaken till diarrén är främst bakterietoxinerna, som verkar irriterande på tarmslemhinnan. Bakteriens sporer kan överleva i omgivningen runt smittade personer under lång tid och därigenom lätt spridas till andra. För att bedöma om spridning mellan patienter har skett måste bakteriens typ bestämmas. En tidig upptäckt av smittspridning mellan patienter gör det möjligt för ett sjukhus att snabbare sätta in rätt åtgärder för att hindra vidare spridning.

En ny och världsunik metod från Folkhälsomyndigheten möjliggör för lokala laboratorier att snabbare identifiera smittspridning av C difficile. Från att man har ett uppodlat isolat kan en C difficile-typ bestämmas inom 30 minuter, medan den traditionella typningen (PCR-ribotypning) kräver referenslaboratorium där svar kan dröja en vecka eller längre. Metoden, kallad »high molecular weight«-typning (HMW-typning), klassificerar C difficile i två steg. Först bestäms en HMW-profil utifrån olika kombinationer av specifika proteiner som finns på bakteriens yta. För vissa HMW-profiler kan ytterligare en förfinad typning göras och i detta steg undersöks signalen från alla proteiner i bakteriecellen. Kombinationen av dessa analyser resulterar i en så kallad HMW-typ. Proteinerna i båda stegen detekteras med masspektrometri (MALDI-TOF), en utrustning som i dag är standard på de flesta laboratorier i Sverige och som har revolutionerat den klassiska mikrobiologin.

I studien jämfördes HMW-typning med PCR-ribotypning. Det fanns en tydlig korrelation mellan HMW-typer och PCR-ribotyper, även om HMW-typning inte kunde särskilja mellan typerna med samma djup som PCR-ribotypning. Av de 500 bakterieisolat som användes i studien, tillhörande 65 olika PCR-ribotyper, kunde man identifiera 24 HMW-profiler och 35 HMW-typer. Man upptäckte dessutom att vissa PCR-ribotyper hade flera olika HMW-profiler, och genom att kombinera båda metoderna går det i vissa fall att få en högre upplösning.

Metodens styrka är snabbheten, och med en låg driftskostnad kan den användas för övervakning av C difficile på det lokala laboratoriet. En referenskollektion för metoden har tagits fram, och Folkhälsomyndigheten utvecklar just nu ett verktyg för att automatisera analysen för ännu snabbare svarsmöjligheter.