Verkliga löneskillnader ser ut att drabba ST- och AT-läkarna, se Tabell III och IV. I Stockholm och Västra Götaland tjänar exempelvis de manliga ST-läkarna över 600 kronor mer i månadslön än sina kvinnliga kolleger. Detta trots att män och kvinnor är lika gamla. Samma obalans syns i Skånes statistik. Där tjänar männen 370 kronor mer än kvinnorna. Allra störst gap märks i Kronoberg, där kvinna och ST-läkare innebär 1314 kronor mindre i månadslön.
Även bland AT-läkarna finns stora löneskillnader, allra mest om man bor i Södermanland eller Örebro, där en kvinnlig AT-läkare tjänar 1583 respektive 1387 kronor mindre än de manliga läkarna. I AT-läkargruppen finns åldersskillnader i flera landsting som kan vara en orsak till att kvinnorna ligger lägre lönemässigt.
Varför så stora löneskillnader mellan könen uppstår redan tidigt i karriären är dock svårt att svara på eftersom unga läkare borde ha samma förutsättningar.
Mer föräldraledighet bland unga kvinnor och mer deltidsarbete har angetts som skäl.
