Studien, som gjordes av Läkemedelsverket, Stockholms läns landsting och Karolinska institutet, omfattade alla i Stockholms län som vaccinerats med Pandemrix och som inkluderats i ett vaccinationsregister. Genom att koppla registret till en vårddatabas gick det att fastställa vilka som vaccinerats och som insjuknat i vissa neurologiska eller autoimmuna sjukdomar. I vaccinationsregistret ingick de som vaccinerats 1 oktober 2009, och i vårddatabasen ingick de som insjuknat fram till 31 augusti 2010.
För Guillain–Barrés syndrom, multipel skleros, diabetes typ 1 eller reumatoid artrit märktes ingen skillnad mellan vaccinerade och ovaccinerade.
En liten riskökning för facialispares, paraestesier och inflammatoriska tarmsjukdomar kunde ses för personer som vaccinerats med Pandemrix. Riskökningen syntes dock bara hos dem som tillhörde någon medicinsk riskgrupp, dvs de som blivit uttagna till vaccination i början av vaccinationskampanjen mot influensan A/H1N1.
Men trots tidigare studier, som visat på en 6–13-faldigt ökad risk för narkolepsi i samband med vaccinerng med Pandemrix, gick det inte att se ett sådant samband här. För detta var antalet sjukdomsfall för litet.
