Sedan den 1 januari 2013 är det inte Socialstyrelsen utan regeringen som fattar beslut om vilka sjukdomar som omfattas av nationella vaccinationsprogram. Utgångspunkten är att vaccination ska förväntas effektivt motverka sjuklighet i samhället, vara samhällsekonomiskt kostnadseffektivt och vara hållbart från etiska och humanitära utgångspunkter.
Socialstyrelsen har fått regeringens uppdrag att utarbeta modeller för att ta fram beslutsunderlag till regeringen och för att genomföra samhällsekonomiska analyser av vaccinationsprogram.
Socialstyrelsen ska även ompröva de befintliga vaccinationsprogram som man tidigare beslutat om enligt den nya ordningen.