Vi har utvecklat en teknik som gör det möjligt att påvisa mRNA-molekyler i fixerade celler och vävnader med en upplösning som till­låter detektion av punktmutationer och allela varianter av enskilda mRNA-molekyler. Tekniken har publicerats i majnumret av Nature Methods. Med befintliga in situ-hybridiseringsmetoder är det svårt att detektera subtila men viktiga sekvensvarianter av mRNA, såsom enbaspolymorfier (SNP) och punktmutationer eller ens splitsvarianter.

Vi har därför utvecklat en in situ-analysmetod som utnyttjar målmolekylbe­roende probcirkularisering (padlock probes) kopplad till en lokaliserad rul­lande cirkel-amplifiering. I artikeln beskrivs hur denna detektionsprincip kopplades till en in situ-cDNA-syntes för att skapa effektiva substrat för DNA-ligering. Vi visar i artikeln att vi effektivt och robust kan detektera varianter av beta-aktintranskript som skiljer sig åt i en enda bas i fixerade celler och i vävnadssnitt från mus.

Vi utförde också expressionsprofilering av transkript av beta-aktin, TERT, Her-2 och c-Myc i odlade celler och visade att expressionsnivåer av dessa transkript kan uppskattas i enskilda celler i god överensstämmelse med qPCR-resultat. Slutligen detekterade vi en punktmutation i KRAS-transkriptet i cellinjer.
Vi tror att den presenterade tekniken kan komma att utgöra ett viktigt forskningsverktyg som gör det möjligt att studera allelisk expression i fixerade celler och vävnader.
Vi tror också att tekniken potentiellt kan få viktiga tillämpningar inom framför allt cancer­diagnostik eftersom tekniken i princip tillåter detektion av mutationer och förlust av heterozygositet även i tumörprov med låg tumörcellshalt.