Nästan all påvisning av sars-cov-2 görs med realtids-PCR. En målgen kopieras då genom upphettning och nedkylning i 45 cykler och varje reaktion följs med en kamera. PCR-cykeln då en positiv reaktionsfluorescerande signal först påvisas kallas Ct-värde (cykeltröskelvärde). Ett lågt Ct-värde betyder att viruskoncentrationen i provet är hög. Grovt räknat motsvarar Ct-värden på 17, 27 respektive 37 förekomst av 1 miljard, 1 miljon respektive 1 000 viruskopior i provet. Att så stora skillnader förekommer i kliniska prov kan sannolikt förklara de stora variationer i smittspridning som förekommer [1-2]. De flesta mikrobiologiska laboratorier i Sverige rapporterar i dagsläget inte Ct-värden till den som beställt analysen.

Vissa smittade blir PCR-negativa inom en vecka efter symtomdebut, hos andra kan sars-cov2-RNA påvisas i nasofarynxprov 2-4 veckor, ibland ännu längre [3-4]. Ett positivt test kan alltså avspegla en infektion som nästan läkt ut och behöver inte innebära smittrisk. Omvänt gäller att ett negativt resultat inte utesluter att patientens symtom beror på covid-19, särskilt inte om provet tagits en vecka eller mer efter symtomdebut.

Att resultatet av ett PCR-prov kan vara negativt hos en individ med covid-19-orsakad andnöd betyder inte att metoden har låg sensitivitet utan avspeglar att denna komplikation i regel uppträder sent i förloppet då virusreplikation kan saknas eller vara mycket låggradig i de övre luftvägarna [3-5]. Vid denna kliniska misstanke bör man ta nytt prov, om möjligt från nedre luftvägarna, och dessutom göra antikroppstest.

Falskt positiva resultat är vanligen ett litet problem vid realtids-PCR, men kan få stor betydelse vid storskalig testning av individer utan misstänkt infektion. Orsaken kan vara kontamination, alltså att virus överförs från prov med mycket hög virusmängd till annat prov (vid manuell provhantering eller i robotar), eller en ospecifik signal som kan genereras om utformningen av söksekvenserna (primrar och probe) inte varit optimal. Falskt positiv reaktion visar sig i regel som ett Ct-värde över 37 och är ofta omöjlig att skilja från sant positiv reaktion i ett prov med låg virusnivå.

Vid covid-19-diagnostik kan falskt positiva resultat få betydande konsekvenser. De kan generera missvisande statistik som påverkar preventiva strategier och leda till anmälningar enligt smittskyddslagen samt resurskrävande smittspårning. På sjukhus kan personal i onödan behöva använda skyddsutrustning och patienter i onödan isoleras och kanske få suboptimal vård. Personer som testats positivt måste följa smittskyddsföreskrifter, vilket kan påverka arbete och semestrar. De som med ledning av ett positivt PCR-test tror sig immuna riskerar att smitta personer i riskgrupper om de vid en senare tidpunkt infekteras. Sådana fall kan då felaktigt tolkas som reinfektion.

På klinisk mikrobiologi, Sahlgrenska, tolkas PCR-resultatet med ledning av Ct-värdet, vilket rapporteras till beställande läkare. Ct-värdet kan användas för att skatta risken för att resultatet representerar en falskt positiv reaktion eller för att bedöma smittrisk [6]. Genom att prov med Ct-värden över 38 besvaras som negativa kan effekter av falskt positiva resultat undvikas. Resultat med Ct 36–38 bedöms som inte säkert positiva och den som provtagits bedöms som inte smittsam. Vid Ct-värden under 20 poängteras den stora smittrisken i det skriftliga svaret, och om det bedöms motiverat av kliniska uppgifter meddelas svaret per telefon så att smittspridning snabbt kan förhindras och exponerade personer testas.

Avsaknaden av standardisering och inverkan av PCR-effektivitet och provets kvalitet brukar anföras mot användning av Ct-värden. Enligt vår bedömning är dock den kliniska nyttan så stor att Ct-värden bör beaktas vid tolkning av resultatet och rapporteras till beställaren. Vår erfarenhet är att de flesta beställare delar denna uppfattning och att de snabbt lär sig Ct-värdets innebörd och användning.